การเลือกเครื่องแยกแม่เหล็กที่เหมาะสมต้องพิจารณาปัจจัยหลายประการ รวมถึงคุณสมบัติของวัสดุ ความสามารถในการประมวลผล ความแม่นยำในการแยก และสภาพแวดล้อมในการทำงาน ตัวอย่างเช่น สำหรับวัสดุแม่เหล็กที่มีเม็ดละเอียด- ควรเลือกตัวคั่นแม่เหล็กที่มีความแรงของสนามแม่เหล็กสูงและการไล่ระดับขนาดใหญ่ สำหรับการใช้งานที่มีปริมาณการประมวลผลสูง ควรเลือกโครงสร้างที่กะทัดรัดและความสามารถในการประมวลผลสูง
การบำรุงรักษาตัวคั่นแม่เหล็กก็มีความสำคัญไม่แพ้กัน การทำความสะอาดเศษซากและฝุ่นภายในตัวคั่นเป็นประจำ การตรวจสอบความแรงและความสม่ำเสมอของสนามแม่เหล็ก และการเปลี่ยนชิ้นส่วนที่สึกหรอทันที ล้วนเป็นกุญแจสำคัญในการรับประกัน-การทำงานที่เสถียรในระยะยาวของตัวคั่นแม่เหล็ก
